Tuve este mismo problema y creo que lo resolví. Utilicé el paquete CSV Import/Export para exportar todas mis variaciones. Notarás que el stock está establecido en 0 cuando debería tener un valor de null .
Tienes dos opciones aquí:
- Ingrese a cada producto individual, haga clic en la pestaña de variaciones y expanda cada variación; desmarque la casilla de verificación "administrar stock":

- Puede buscar y reemplazar en la base de datos sustituyendo el valor 0 por nulo.