Consulta MySQL:comparar números de versión

Gracias por los consejos @symcbean y @gordon-linoff, mi consulta final se ve así:

SELECT *
FROM versions WHERE CONCAT(
        LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 1), '.', -1), 10, '0'),
        LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 2), '.', -1), 10, '0'),
        LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 3), '.', -1), 10, '0') 
       ) > CONCAT(LPAD(2,10,'0'), LPAD(1,10,'0'), LPAD(27,10,'0'));

Esto permite que cada componente tenga hasta 10 dígitos.

Transforma esto:

X.XX.XXX > 2.1.27

a esto:

'000000000X00000000XX0000000XXX' > '000000000200000000010000000027'