Este error no tiene nada que ver con php.ini, es claramente un mensaje de error del DBMS.
Puede aumentar el valor de max_allowed_packet en el archivo my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Después de reiniciar su mysqld, debería funcionar (para datos más grandes, aumente más el valor)
Si intenta "importar con masilla", supongo que está usando mysql desde la línea de comando, en este caso puede iniciar mysql con el parámetro --max_allowed_packet, por ejemplo:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternativamente, si obtiene el archivo desde una sesión mysql en ejecución, puede establecer el parámetro de la siguiente manera:
set global max_allowed_packet=128M;
el último ejemplo solo es efectivo hasta el próximo reinicio de mysqld, para una solución permanente, quédese con mi primer ejemplo.
