No estoy absolutamente seguro, pero considere mover la condición de WHERE condición para JOIN ON condición ya que está realizando una combinación externa (LEFT JOIN ) hace una diferencia en el rendimiento a diferencia de inner join donde la condición sea en where o join on cláusula es equivalente.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');