Si todas las consultas son lentas, SET NAMES puede tener una prioridad muy baja en el servidor y, por lo tanto, esperar hasta que la carga se apague. Si tiene muchas otras consultas que tardan mucho tiempo en ejecutarse, es posible que desee intentar optimizarlas primero.
Otra solución a este "problema", podría ser agregar esto a su my.cnf en el servidor:
[mysqld]
init-connect = 'SET NAMES utf8'
Esto asegura que el conjunto de caracteres esté establecido en UTF-8 cuando un cliente se conecta, de modo que el cliente no tenga que esperar el resultado de esta "consulta". Probablemente desee deshabilitar la consulta SET NAMES en su software.
Principalmente, no me preocuparía demasiado a menos que realmente tengas MUCHOS NOMBRES ESTABLECIDOS que toman tanto tiempo.
