Eliminar todas las fechas cero de la base de datos MySQL en todas las tablas

Para cambiar los valores existentes, podría usar una consulta como esta:

UPDATE tablename SET date_column = '1900-01-01' WHERE date_column = '0000-00-00';

Si desea automatizar la consulta de ACTUALIZACIÓN, puede usar una declaración preparada:

SET @sql_update=CONCAT_WS(' ', 'UPDATE', CONCAT(_schema, '.', _table),
                               'SET', _column, '=', '\'1900-01-01\'',
                               'WHERE', _column, '=', '\'0000-00-00\'');

PREPARE stmt FROM @sql_update;
EXECUTE stmt;
DEALLOCATE PREPARE stmt;

Y puede recorrer todas las columnas en todas las tablas en el esquema actual que se declaran como fecha:

SELECT
  table_schema,
  table_name,
  column_name
FROM
  information_schema.columns
WHERE
  table_schema=DATABASE() AND data_type LIKE 'date%'

Para recorrer todas las columnas, puede usar un procedimiento almacenado:

DELIMITER //
CREATE PROCEDURE update_all_tables() BEGIN
  DECLARE done BOOLEAN DEFAULT FALSE;
  DECLARE _schema VARCHAR(255);
  DECLARE _table VARCHAR(255);
  DECLARE _column VARCHAR(255);
  DECLARE cur CURSOR FOR SELECT
                           CONCAT('`', REPLACE(table_schema, '`', '``'), '`'),
                           CONCAT('`', REPLACE(table_name, '`', '``'), '`'),
                           CONCAT('`', REPLACE(column_name, '`', '``'), '`')
                         FROM
                           information_schema.columns
                         WHERE
                           table_schema=DATABASE() AND data_type LIKE 'date%';

  DECLARE CONTINUE HANDLER FOR NOT FOUND SET done := TRUE;

  OPEN cur;

  columnsLoop: LOOP
    FETCH cur INTO _schema, _table, _column;
    IF done THEN
      LEAVE columnsLoop;
    END IF;   

    SET @sql_update=CONCAT_WS(' ', 'UPDATE', CONCAT(_schema, '.', _table),
                                   'SET', _column, '=', '\'1900-01-01\'',
                                   'WHERE', _column, '=', '\'0000-00-00\'');

    PREPARE stmt FROM @sql_update;
    EXECUTE stmt;
    DEALLOCATE PREPARE stmt;

  END LOOP columnsLoop;

  CLOSE cur;
END//
DELIMITER ;

Consulte un ejemplo aquí .