Optimización de MySQL en tablas de unión con criterios de rango

chrom_only es probable que sea una mala selección de índice para su combinación, ya que solo tiene valores de cromo 22.

Si he interpretado esto correctamente, la consulta debería ser más rápida si se usa start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)