Ejecute mysqldump en cada base de datos con --no-create-info opción para evitar escribir información de esquema. Luego ejecute una vez en una base de datos con --no-data opción. Si carga todos estos archivos secuencialmente en la misma base de datos de destino, esto debería funcionar, salvo diferencias en el esquema entre las dos bases de datos o claves primarias duplicadas.
mysqldump -u root -p --no-create-info database1 > database1.sql
mysqldump -u root -p --no-create-info database2 > database2.sql
mysqldump -u root -p --no-data database1 > schema.sql
Después de crear una nueva base de datos, ejecute
mysql -uroot -p -Ddatabase3 < schema.sql
mysql -uroot -p -Ddatabase3 < database1.sql
mysql -uroot -p -Ddatabase3 < database2.sql
Esto también puede funcionar. No tiene una caja de Windows para probar en cajero automático
type schema.sql database1.sql database2.sql | mysql -uroot -p -Ddatabase3
