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Usuario y contraseña mysql codificados en Node.js

La mejor manera de manejar esto es tener sus credenciales almacenadas en variables de entorno. Luego accedería a sus credenciales de esta manera:

var mysql      = require('mysql');
var connection = mysql.createConnection({
  host     : process.env.DB_HOST,
  user     : process.env.DB_USER,
  password : process.env.DB_PASS,
  database : process.env.DB_NAME
});

connection.connect();

Luego, usaría una biblioteca como dotenv para establecer variables de entorno. Pondría sus variables de entorno en un archivo .env que no se distribuye con la aplicación y que no está en el control de versiones. Un ejemplo de .env podría verse así

DB_NAME=my_db
DB_HOST=localhost
DB_PASS=secret
DB_USER=me

https://www.npmjs.com/package/dotenv - consulte este enlace para obtener más información sobre el uso de dotenv e investigue un poco sobre la seguridad de 12 factores en las aplicaciones :)