¿Cómo puedo obtener el valor de la variable de configuración 'ft_min_word_len' de MySQL usando PHP?

Puede usar mostrar variables y recuperar su valor de php.

show variables like 'ft_min%'

Desde php

$query = mysql_query("show variables like 'ft_min%'") or die(trigger_error());
$num = mysql_fetch_row($query);
echo $num[1];

Solo para su información, puede obtener este valor incluso desde el esquema de información

select variable_value from information_schema.global_variables
where variable_name like 'ft_min%'