Cómo hacer correctamente CREATE INDEX con SQLite

CREATE UNIQUE INDEX es su propia declaración y no se puede usar dentro de un CREATE TABLE declaración.

Mueva las declaraciones de índice fuera de CREATE TABLE :

CREATE  TABLE IF NOT EXISTS `feature` (
  `feature_id` VARCHAR(40) NOT NULL ,
  `intensity` DOUBLE NOT NULL ,
  `overallquality` DOUBLE NOT NULL ,
  `quality` DOUBLE NOT NULL ,
  `charge` INT NOT NULL ,
  `content` VARCHAR(45) NOT NULL ,
  `msrun_msrun_id` INT NOT NULL,
  CONSTRAINT `fk_feature_msrun1`
    FOREIGN KEY (`msrun_msrun_id` )
    REFERENCES `msrun` (`msrun_id` )
    ON DELETE NO ACTION
    ON UPDATE NO ACTION);
CREATE UNIQUE INDEX `id_UNIQUE` ON `feature` (`feature_id` ASC);
CREATE INDEX `fk_feature_msrun1` ON `feature` (`msrun_msrun_id` ASC);