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¿Cómo encripto esta contraseña con MD5 usando PHP?

Debería verificar y consultar la base de datos en busca de una coincidencia, no bajar los resultados y verificarlos localmente. Dicho esto:

$password = md5($_POST['password']);

Entonces también cambia:

SELECT * FROM users WHERE username='$username' AND password='$password'

Pero también echaría un vistazo al uso de PDO en lugar de colocar los valores directamente en una consulta SQL. Como mínimo, debería usar mysql_real_escape_string para evitar ataques de inyección.