Los nuke_users El módulo está exportando una función que, cuando se llama, devuelve el Model . Debido a que no está llamando a esta función, no está devolviendo el Model , y por lo tanto la función que está buscando no existe.
Para llamar a esta función exportada, debe pasar sequelize instancia y DataTypes , así:
var User = require('../models/nuke_users')(sequelize, DataTypes);
En su caso, está utilizando un cargador en index.js archivo, y está exportando el db objeto que contiene los modelos tecleados por su nombre.
var models = require('../models'); // loads index.js
var User = models.nuke_user; // the model keyed by its name
User.findOne(...); // search the model