La respuesta obvia es:pruébalo.
La respuesta casi obvia es:hacer consultas a menudo es más rápido que iterar a través de matrices en php. Una consulta es mucho más rápida que múltiples consultas debido a la menor sobrecarga.
Aquí es donde empezaría:
SELECT * FROM table WHERE something IS IN ('a1', 'a2', ..., 'a1000')
