¿Es posible modificar una tabla en mySql a través de procedimientos almacenados?

No sé por qué demonios lo querrías, pero es posible:

DELIMITER //
DROP PROCEDURE foo//
CREATE PROCEDURE foo(IN MYTABLE varchar(50) , IN COLNAME varchar (50), IN MYTYPE varchar(50))
BEGIN
  SET @ddl = CONCAT('alter table ', MYTABLE, ' add column (', COLNAME, ' ', MYTYPE, ')');
  PREPARE STMT FROM @ddl;
  EXECUTE STMT;
END;
//