Tratando de entender por qué usaría este tipo de configuración de base de datos

Es un escenario muy común. Creé una clase MySQL que uso en mis proyectos PHP y puedo llamarla desde cualquier lugar para conectarme a la base de datos. Puedes tomarlo aquí:

http://pastebin.com/2FrPHVLR

Para cualquier página que necesite conectarse a mi base de datos, cargo un archivo de configuración global que requiere esa clase y agrego mis credenciales, como

$db_hostspec = 'localhost';
$db_database = 'mydb';
$db_username = 'root';
$db_password = 'MySekretPassw0rd';
$db_port = '3306';

Entonces, puedo conectarme a la base de datos con

$db = new MySQL($db_hostspec, $db_username, $db_password, $db_database);

Y puedo hacer llamadas a la base de datos con:

$products = $db->execute("SELECT * FROM Products");