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¿Acceder a la base de datos SQL a través de PHP?

Descargar toda la base de datos y cargarla con los cambios probablemente no tenga sentido por motivos de rendimiento (y seguridad).

Lo que generalmente se haría es configurar una API en PHP o algún otro lenguaje del lado del servidor al que se pueda llamar desde su aplicación iOS y que haga las operaciones por usted.

No tengo experiencia con ellos, por lo que no puedo juzgar su integridad y robustez, pero hay API de PHP listas para usar que traducen operaciones mySQL en operaciones REST como phprestsql . Tal vez eso sea algo para ti; sin embargo, tenga en cuenta que siempre necesita resolver el problema de la autenticación. Si tiene una API con acceso de escritura (o acceso de lectura a materiales confidenciales), deberá hacer algo para evitar que todos en Internet accedan a esa URL.

Editar: si solo se trata de sondear un conjunto definido de datos, puede que sea más fácil con un script PHP estándar de "consultar una tabla y generar cosas en un bucle" (preferiblemente usando PDO) y devolver un json_encode() d resultado.