Eliminación de registro con ID más bajo

Básicamente, en MySQL no puede hacer una actualización en una tabla que usa en SELECT parte. Para obtener detalles, puede verificar este comportamiento que está documentado en:http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/update.html

En teoría cada DELETE es una UPDATE por eso recibes este error.

Simplemente podría hacer lo siguiente:

DELETE FROM myTable 
ORDER BY my_id
LIMIT 1;