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JDBC no está ejecutando el comando SHOW DATABASES

Esa no es la mejor manera de obtener una lista de bases de datos en JDBC. Así es como se hace:usando MetaData

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

Ver también:cómo obtener una lista de nombres de "esquema" de bases de datos de MySql usando java JDBC