Puedes usar
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 0
para desactivar el registro y
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 1
para volver a encenderlo. Mi sugerencia personal es envolver la consulta infractora con estos en lugar de configurarla globalmente para que pueda rastrear si otras consultas también causan el problema.
Tenga en cuenta que las versiones anteriores de MySQL no admiten esto.
