Colocaría su código dentro del php-5.3 básico esqueleto de la aplicación e ir desde allí.
Puede agregar mysql a cualquier aplicación incluyéndola como una dependencia durante su rhc app create paso, o escribiendo rhc cartridge add mysql desde dentro de la carpeta del repositorio del proyecto local.
Una vez que todo funcione, consideraría publicar el repositorio resultante en GitHub. Esto debería permitir a otros activar su copia de Kohana compatible con OpenShift ejecutando:
rhc app create kohana php-5.3 mysql --from-code=http://github.com/YOUR_ACCOUNT/YOUR_PROJECT_NAME.git
(con YOUR_ACCOUNT y YOUR_PROJECT_NAME sustituido en el comando anterior)
