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¿Cómo aumento la velocidad de este análisis de datos?

No muestra la estructura de su clave, aunque muestra que site_id es parte de una clave de varias partes (MUL ). tenga en cuenta que si no es el PRIMER campo en esa clave de varias partes, entonces la clave no se puede usar para esa cláusula where. por ejemplo, si tiene

KEY somekey (field1, site_id, field3, ...)

entonces su cláusula where debe incluir AMBOS field y site_id para que esa clave sea utilizable en la consulta. No tiene que usar los campos en el mismo orden en que aparecen en la clave (where site_id=.. and field1=... funcionará igual que where field1=... and site_id=... ), pero dado que field1 aparece antes de site_id en la definición de la clave, también debe usarlo para que se pueda usar toda la clave.

Lo mismo vale para tu q campo. También debe ser el primero en las claves que se cubren, o esas claves no se pueden usar.