Python + MySQLdb ejecutar muchos

En retrospectiva, este fue un error realmente estúpido pero difícil de detectar. Valores es una palabra clave en sql, por lo que los valores del nombre de la tabla necesitan comillas.

def __insert_values(self, values):
    cursor = self.connection.cursor()
    cursor.executemany("""
        insert into `values` (ensg, value, sampleid)
        values (%s, %s, %s)""", values)
    cursor.close()