Aquí hay una solución. Probé esto en MySQL 5.5.8.
SELECT MAX(COALESCE(c2.id, c1.id)) AS id,
c1.driver_id, c1.car_id,
c2.notes AS notes
FROM cars_drivers AS c1
LEFT OUTER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c2.notes IS NOT NULL
GROUP BY c1.driver_id, c1.car_id, c2.notes;
Incluyo c2.notes como clave GROUP BY porque es posible que tenga más de una fila con notas no nulas por valores de driver_id,car_id.
Resultado usando sus datos de ejemplo:
+------+-----------+--------+-------+
| id | driver_id | car_id | notes |
+------+-----------+--------+-------+
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 4 | 2 | 1 | NULL |
| 8 | 3 | 2 | hi |
| 9 | 5 | 3 | NULL |
+------+-----------+--------+-------+
Con respecto a la eliminación. En sus datos de ejemplo, siempre es el valor de identificación más alto por driver_id y car_id que desea conservar. Si puede confiar en eso, puede hacer una eliminación de varias tablas que elimine todas las filas para las que existe una fila con un valor de id más alto y el mismo driver_id &car_id:
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;
Naturalmente, esto omite cualquier caso en el que solo exista una fila con un par determinado de valores de id_conductor y id_automóvil, porque las condiciones de la unión interna requieren dos filas con valores de id diferentes.
Pero si no puede depender de que la última identificación por grupo sea la que desea conservar, la solución es más compleja. Probablemente sea más complejo de lo que vale la pena resolverlo en una declaración, así que hágalo en dos declaraciones.
Probé esto también, después de agregar un par de filas más para probar:
INSERT INTO cars_drivers VALUES (10,2,3,NULL), (11,2,3,'bye');
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 1 | 1 | 1 | NULL |
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 3 | 1 | 2 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 5 | 2 | 3 | NULL |
| 6 | 2 | 3 | NULL |
| 7 | 2 | 3 | NULL |
| 8 | 2 | 3 | hi |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 10 | 2 | 3 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+
Primero elimine filas con notas nulas, donde existe una fila con notas no nulas.
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id)
WHERE c1.notes IS NULL AND c2.notes IS NOT NULL;
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 1 | 1 | 1 | NULL |
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 3 | 1 | 2 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 8 | 2 | 3 | hi |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+
En segundo lugar, elimine todas las filas excepto la de identificación más alta de cada grupo de duplicados.
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+
