Encontré el problema. De forma predeterminada, h2 tiene esta configuración establecida en verdadero DATABASE_TO_UPPER . Establecer eso en falso guardará los datos como se esperaba. Entonces, en mi comando INIT (antes), ingresé:
jdbc:h2:mem:~/test;DATABASE_TO_UPPER=false;INIT=runscript from '~/schema.sql'
Ahora las tablas se insertan en el caso correcto
