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¿Puedo comparar la marca de tiempo de MysQL con las columnas de fecha y hora? ¿Es malo?

Sí, puedes comparar una datetime con una timestamp . No está mal, pero ten en cuenta lo siguiente:

De Manual de referencia de MySQL ::Los tipos DATETIME, DATE y TIMESTAMP .

Tenga en cuenta cómo los siguientes casos de prueba funcionan bien:

CREATE TABLE t1 (d1 datetime, d2 timestamp);

INSERT INTO t1 VALUES ('1968-01-01 00:00:00', '1980-01-01 00:00:00');
INSERT INTO t1 VALUES ('2040-01-01 00:00:00', '1980-01-01 00:00:00');

SELECT * FROM t1 WHERE d2 < d1;
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 2040-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 > d1;
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 1968-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 < '2040-01-01 00:00:00';
+---------------------+---------------------+
| d1                  | d2                  |
+---------------------+---------------------+
| 1968-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
| 2040-01-01 00:00:00 | 1980-01-01 00:00:00 |
+---------------------+---------------------+
2 rows in set (0.00 sec)

SELECT * FROM t1 WHERE d2 > '2040-01-01 00:00:00';
Empty set (0.00 sec)