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¿El número de columnas afecta la velocidad de MYSQL?

Sí, los datos adicionales pueden ralentizar las consultas porque significa que caben menos filas en una página, y esto significa más accesos al disco para leer una cierta cantidad de filas y menos filas pueden almacenarse en caché en la memoria.

El factor exacto en la desaceleración es difícil de predecir. Podría ser insignificante, pero si está cerca del límite entre poder almacenar en caché toda la tabla en la memoria o no, algunas columnas adicionales podrían marcar una gran diferencia en la velocidad de ejecución. La diferencia en el tiempo que lleva obtener una fila de un caché en la memoria o del disco es de varios órdenes de magnitud.

Si agrega un índice de cobertura las columnas adicionales deberían tener un impacto menor ya que la consulta puede usar el índice relativamente estrecho sin necesidad de referirse a la tabla principal más amplia.