Compruebe old_passwords opción en su my.cnf archivo.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/opciones-del-servidor.html#option_mysqld_old-passwords
Si por alguna razón no puede cambiar a nuevas contraseñas, no puede usar mysqlnd como su controlador MySQL, y necesita volver al anterior.
Más información sobre mysqlnd
http://dev.mysql.com/downloads/connector/php-mysqlnd/
