Secuela donde cláusula de fecha

Sequelize convierte la cadena que pasa en un objeto Date, que tiene una hora asignada. Si desea seleccionar registros en una fecha determinada (en lugar de en un momento exacto), puede hacerlo así:

 date: {
     $lt: new Date('2016-10-20'),
     $gt: new Date(new Date('2016-10-20') - 24 * 60 * 60 * 1000)
 }

O en tu caso:

models.TblActivitat.findAll(
            {
                attributes: 
                [
                    'codiAct', 'procedencia', 'pacient', 'proces', 'prova', 'rmn', 'realitzador',
                    [Sequelize.fn('date_format', Sequelize.col('data'), '%d-%m-%Y'), 'data']
                ],
                include: models.TblTecnics,
                where: {"data": {
                    $lt: new Date('2016-10-20'),
                    $gt: new Date(new Date('2016-10-20') - 24 * 60 * 60 * 1000)
                } },   //dataAAAAMMDD
                order: "registre DESC"
            }).then(function(tblActTec){
                ...
            });