La consulta está bloqueando tablas, no puede eliminar ese proceso

Cuando ejecuta una instancia de MySQL en RDS y quiere eliminar un hilo o una consulta por algún motivo, descubrirá que no puede usar KILL o mysqladmin kill porque no tienes permiso para hacerlo.

RDS proporciona los procedimientos almacenados denominados mysql.rds_kill y mysql.rds_kill_query que matará un hilo y una consulta respectivamente. Para cerrar un hilo, primero use SHOW PROCESSLIST para obtener la lista de hilos y encontrar la identificación del hilo que desea eliminar. Asumiendo que la identificación del hilo es 53512, entonces use

CALL mysql.rds_kill(53512)

Fuente:http ://snak.tumblr.com/post/13856391340/killing-a-thread-or-query-of-mysql-running-on-rds