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¿Cómo funcionan exactamente las transacciones con PHP PDO con concurrencia?

Las transacciones son atómicas solo con respecto a otras conexiones de bases de datos que intentan usar los mismos datos, es decir, otras conexiones verán no cambios realizados por su transacción, o todos cambios; "atómico", lo que significa que ninguna otra conexión de base de datos verá un estado intermedio con algunos datos actualizados y otros no.

El código PHP entre consultas no romperá la atomicidad, y no importa dónde prepare sus declaraciones.