Utilice c3p0 para piscina, se usa listo para uso en producción
Use este parámetro (puede modificar para optimizar), que mantendrá su conexión activa
<property name="hibernate.c3p0.timeout">1800</property>
<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period">100</property>
EDITARTambién puede aumentar el límite de 8 horas por debajo del parámetro
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/variables-del-sistema-del-servidor.html#sysvar_wait_timeout