¿Cómo saber cuántas consultas mysql ha realizado un script php?

Básicamente, puede crear una función de controlador para sus consultas MySQL, como:

$mysql_queries_count = 0;
$mysql_queries_time = 0;

function _mysql_query($query) {
    global $mysql_queries_count, $mysql_queries_time;

    $start = microtime(true);
    $result = mysql_query($query);
    $mysql_queries_time += microtime(true) - $start;
    $mysql_queries_count++;

    return $result;
}

Al hacerlo, deberá reemplazar todos los mysql_query( en su código con _mysql_query( , que es fácilmente factible en la mayoría de los editores de texto.