Recomiendo usar:
PRIMARY KEY (category_id, posts_id)
El id el valor siempre será único; lo que no será, es la combinación de category_id y posts_id .
Pero me perdí que ya tiene una clave única definida en el category_id y posts_id columnas, por lo que su clave principal podría ser solo el id . Pero la clave principal significa que será un índice agrupado:buscará estas dos columnas más de lo que buscaría el id columna por lo que las búsquedas deberían mejorar minuciosamente sobre un índice no agrupado en las dos columnas.
