¿Podemos usar migraciones de EF con MySql?

Teóricamente sí. Prácticamente, primero necesita obtener (o crear usted mismo) la clase derivada de System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator el cual se encargará de generar SQL para MySQL. Aquí se trata más de personalizar (o reescribir) la generación de SQL.

También puede esperar hasta que los desarrolladores de EF que admitan proveedores de ADO.NET incluyan esta función en sus paquetes. Por ejemplo, Devart ya comenzó a trabajar en su soporte de migraciones para sus Oracle, MySQL, PostgreSQL y SQLite.