¿Revisaste tu grupo de seguridad? Porque tienes que abrir el puerto MySQL 3306.
Cuando está creando el RDS, es importante crear un nuevo grupo de seguridad, como myRDSgroup, luego debe modificarlo abriendo el puerto 3306 en la fuente, seleccione el grupo de seguridad donde se encuentra su AWS EC2.
¿Podría enviar la captura de pantalla de su grupo de seguridad, por favor?