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¿Es segura la conexión mysql estándar a través del puerto 3306 en Sequel Pro?

No es predeterminado, pero mysql admite ssl.

https://dev.mysql.com/doc /refman/5.5/en/usando-conexiones-cifradas.html

Es probable que sí, sus credenciales estén volando en texto sin formato y un rastreador pueda capturarlas fácilmente.

Si no puede hacer que su proveedor configure mysql ssl, ¿tal vez pueda vpn primero a la red donde vive el servidor mysql y luego conectarse a 3306? Supongo que depende de las opciones que te dé tu proveedor.