¿Cuál es la mejor manera de eliminar valores duplicados de la tabla MySQL?

Primero, puede intentar agregar índices a los campos ProgramName y CustID si aún no los tiene.

Eliminación de duplicados

Puede agrupar sus registros para identificar duplicados y, mientras lo hace, obtenga el valor de ID mínimo para cada grupo. Luego, simplemente elimine todos los registros cuya ID no sea una de las MinID.

Método dentro de la cláusula

delete from
 ProgramsList
where
 id not in 
    (select min(id) as MinID
      from ProgramsList
      group by ProgramName, CustID) 

Método de unión

Es posible que deba ejecutar esto más de una vez, si hay muchos miembros por grupo.

DELETE P
FROM ProgramsList as P
INNER JOIN 
    (select count(*) as Count, max(id) as MaxID
     from ProgramsList
     group by ProgramName, CustID) as A on A.MaxID = P.id
WHERE A.Count >= 2

Algunas personas tienen problemas de rendimiento con In-Clause, otras no. Depende mucho de tus índices y demás. Si uno es demasiado lento, pruebe con el otro.

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