¿Cómo puedo actualizar dos tablas en una consulta?

MySQL realmente permite actualizaciones de varias tablas en una sola consulta (aunque a menudo tiene sentido que su aplicación haga una a la vez).

UPDATE table_1, table_2
SET table_1.field = <some value>, table_2.field = <some value>
WHERE table_1.field2 = table_2.field_2 
AND table_1.field_3 = <some other value>

Ver:http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/es/actualizar.html

Como han dicho otras personas, debe considerar el uso de declaraciones preparadas.