La consulta para calcular la distancia atascó el PostgresDB

para el rendimiento debe agregar estos índices

    create index idx1 on dots (site_id, dist_from_site,  geom);

    create index idx2 on sites (site_id, geom);

para la segunda actualización, intente agregar también este índice

 create index idx3 on dots ( geom, latitude, longitude);