Veo que muchos de sus subprocesos de InnoDB están atascados en el estado de "limpieza".
Hay un error https://bugs.mysql.com/bug.php?id=78777 sobre los hilos que se atascan en ese estado. Se informa que está arreglado en MySQL 5.6.35, 5.7.17, 8.0.1. Debe actualizar a esas versiones si aún no lo ha hecho.
Otra sugerencia es aumentar el tamaño de table_open_cache . Supervise las variables de estado Open_tables y Opened_tables .
Más lecturas:
- https://dev.mysql.com/ doc/refman/5.7/en/table-cache.html
- https://dba.stackexchange.com/ question/45551/how-to-optimize-table-cache para algunos consejos.
