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Problema de consulta MySQL FULLTEXT

Un índice de texto completo es el enfoque incorrecto para lo que está tratando de hacer. Pero, su problema específico es la longitud mínima de palabra, que es 3 o 4 (por defecto), dependiendo de la terminación. Esto se explica en la documentación , específicamente aquí .

Una vez que restablezca el valor, deberá volver a crear el índice.

Sospecho que estás tratando de ser inteligente. Probablemente haya escuchado el consejo "no almacene listas de cosas en cadenas delimitadas". Pero en cambio respondiste "ah, pero puedo usar un índice de texto completo". Tu puedes , aunque encontrará que las consultas más complejas no se optimizan muy bien.

Solo hazlo bien. Cree la tabla de asociación user_skills con una fila por usuario y por habilidad que tenga el usuario. Le resultará más fácil de usar en consultas, para evitar duplicados, para optimizar consultas, etc.