¿Cómo convertir una tabla MySQL en JSON usando PHP?

Para estar seguro, use json_encode así:

$real = array_map(function($a) { return $a["real"]; }, $rows);
$orcamento = array_map(function($a) { return $a["orcamento"]; }, $rows);
$desvio = array_map(function($a) { return $a["desvio"]; }, $rows);

echo json_encode(array(
    array('name' => 'orcamento', 'data' => $orcamento),
    array('name' => 'real', 'data' => $real),
    array('name' => 'desvio', 'data' => $desvio)
));

(pero en esencia en su salida original el [ y ] para rodear los objetos faltan y necesita usar comillas dobles " por citar las claves y cadenas)