Las versiones de MySQL desde 5.6.7 tienen secure_auth habilitado de forma predeterminada, lo que significa que un cliente 5.6.7+ no le permitirá conectarse si su contraseña de usuario de MySQL está codificada utilizando el método anterior a 4.1. Dijiste que estás migrando desde una instalación 4.0.24, por lo que tu contraseña de usuario de MySQL definitivamente está codificada usando el método anterior a 4.1.
Al usar mysql herramienta de línea de comandos, puede evitar esto y conectarse a su base de datos anterior a 4.1 usando --skip-secure-auth opción de línea de comando. Por ejemplo:
mysql -h 127.0.0.1 -u username -p --skip-secure-auth
Desafortunadamente, no hay forma de deshabilitar secure_auth en mysql-python.
