obtener tres registros en orden descendente de cada categoría usando codeigniter

No conozco Code-Igniter, pero básicamente quieres que haga la unión primero y luego aplique el orden en todo el conjunto. Esto requeriría una subconsulta. Debería dar como resultado la siguiente consulta SQL:

select * from
    ((SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id )
    UNION ALL
    (SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id)) T
ORDER BY m.media_files DESC LIMIT 3

Espero que te ayude un poco.