El problema es que cuando usas GROUP BY , solo puedes SELECT agregados y las columnas en las que se ha agrupado.
invoices.id es una columna que intentó seleccionar, pero no agrupó. Creo que probablemente quieras agregar esta columna a GROUP BY cláusula.
SELECT
invoices.id,
sum(grossTotal)-IFNULL(depositsCheck.previouslyPaid,0) as todayTotal,
depositsCheck.previouslyPaid, sum(grossTotal) as grossTotal
FROM `invoices`
LEFT JOIN (SELECT SUM(amount) as previouslyPaid, invNo
FROM deposits
GROUP BY invNo) depositsCheck ON depositsCheck.invNo=invoices.id
GROUP BY invoices.paymentType, invoices.id ORDER BY id DESC
Para las tablas de ejemplo que diste, probablemente dará:
id | paymentType | grossTotal | dateTime | previouslyPaid
1 | Cash | 1000 | UNIX TIME | 150
2 | Card | 1350 | UNIX TIME | 350
3 | Card | 1250 | UNIX TIME | 0
4 | Card | 750 | UNIX TIME | 0
Pero en general, tendrás algo como:
id | paymentType | grossTotal | dateTime | previouslyPaid
1 | Cash | 1000 | UNIX TIME | 150
1 | Card | 1000 | UNIX TIME | 300
2 | Cash | 1350 | UNIX TIME | 350
2 | Card | 1350 | UNIX TIME | 350
Donde puede ver arriba, para la factura 1, 150 se pagaron en efectivo y 300 se pagaron con tarjeta.
