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¿Se agregó mysql jar a lib pero aún se enfrenta a la excepción de clase no encontrada en la implementación local para que Tomcat funcione a través de intelliJ?

Tienes el provided alcance para el contenedor del controlador jdbc. En estos casos, no se copia en el artefacto que implementa en Tomcat. Debe especificarlo como compile alcance.

También puede agregar el jar tomcat classpath como se describe aquí /2000323 para todas las aplicaciones. Luego debe especificar el alcance como provided para que el mismo jar no se despliegue dos veces.