Simple IF .. Else .. consulta mysql

En MySQL, debe ejecutar eso en un disparador o procedimiento.

No puede simplemente ejecutar código de secuencia de comandos sin una función a su alrededor.

delimiter |
CREATE PROCEDURE simpleproc ()
BEGIN
   set @var=1;
   if @var>1 then 
      select * from client;
   else
      select * from otherTable;
   end if;
END;
|
delimiter ;

Después de eso puedes ejecutarlo con

call simpleproc()