Tiene razón, no puede mencionar su alias en las cláusulas WHERE o HAVING, pero aparte de eso, no estoy seguro de lo que quiere decir; GROUP BY y HAVING están destinados a usarse juntos:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200
