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Actualice varias columnas con el mismo valor, sintaxis corta

Tampoco es cierto.
La expresión:

c1=c2=1

se evalúa como:

c1=(c2=1)

Para MySql la expresión booleana c2=1 evalúa a 0 o 1 para false o true respectivamente.
Entonces 0 o 1 se asignará a c1 y en este caso desde c2=1 es false el resultado será 0 .
Debe usar asignaciones separadas para cada columna:

update t1 
set 
  c1=1,
  c2=1;